依托于吉林大学白求恩口腔医学院师资、设备和环境条件成立的科学研究中心，自2005年以来，先后被遴选为吉林省口腔生物医学工程重点实验室、吉林省牙发育及颌骨重塑与再生重点实验室、吉林省智能化口腔治疗技术工程实验室、吉林省口腔医学国际联合研究中心和吉林省口腔科学纳米工程实验室的五个省级重点实验室。
围绕口腔医学领域的前沿科学问题与技术问题，科学研究中心已凝练成口腔材料和义齿修复研究、硬组织改建与疾病防治研究、牙颅颌面的畸形与临床研究、口腔癌浸润转移分子机制与治疗研究、口腔微生态与龋病和牙周病研究5个主要学术研究方向。同时中心又设有种植修复技术与智能装备、冠桥修复技术与智能装备、牙周病的引导性组织再生治疗技术与装备、现代根管治疗技术与装备研究和口腔正畸矫正治疗技术与装备5个技术研发方向。科学研究中心共设5个实验平台包括：细胞生物学实验平台、组织学实验平台、分子生物学实验平台、口腔微生态实验平台及贵重仪器实验平台。
科学研究中心面积3000平方米，目前拥有一批先进的总价值约3000余万元的各类科研实验仪器设备，包括：micro CT、3D打印机、细胞机械力加载培养系统、超分辨共聚焦显微镜、硬组织切磨系统、组织处理器及细胞分析仪、超速离心机、流式细胞仪、real-time PCR仪、酶标仪、X线焦点成像系统、各种级别的倒置荧光显微镜等。科学研究中心为学院的师生科研工作搭建了良好的科研平台，是学院人才培养的重要基地，现已成为东北地区领先、国内有一定影响力的创新研究基地。科学研究中心目前有一批贵重仪器设备包括micro CT、激光共聚焦显微镜等对校内外师生开放共享。
